Quận Wayne, Michigan ban đầu là một phần của Lãnh thổ Tây Bắc rộng lớn. Diện tích của quận này dần dần bị cắt xén thành như hiện nay sau khi một số vùng đất bị tách ra khỏi quận: Monroe bị tách ra vào năm 1817, Michilimackinac (sau đó được gọi là Mackinac) và Macomb bị tách ra vào năm 1818, St. Clair và St. Joseph bị tách ra vào năm 1820 và Washtenaw bị tách ra vào năm 1822. Xã đầu tiên được tổ chức là Detroit thuộc Quận Wayne vào năm 1802.

Cũng được tổ chức vào năm 1818 là hai quận còn tồn tại đến ngày nay trong tiểu bang Wisconsin. Quận Crawford được thành lập để trông coi các khu định cư trên thượng nguồn sông Mississippi với quận lỵ được đặt tại Prairie du Chien, Wisconsin trong khi đó Quận Brown đóng vai trò tương tự cho các khu định cư quanh Green Bay. Hai quận này trở thành một phần của Lãnh thổ Wisconsin vào năm 1836.

Quận Oakland, Michigan được lập năm 1819 và qua thời gian bị phân chia thành toàn bộ hay một phần của các quận Genesee, Lapeer, Sanilac, Shiawassee và Saginaw. Quận Saginaw lại bị tách thành 8 quận riêng biệt. Ba trong số (Isabella, Arenac và Midland) được thành lập trong thời kỳ là lãnh thổ.

Quận Lenawee được lập năm 1822 từ đất đai của người bản địa Mỹ trước đó, và Quận Hillsdale được tách ra từ Quận Lenawee vào năm 1829. Các phần đất khác của Quận Lenawee bị biến thành các quận Cass và Berrien. Quận Branch cũng được hình thành toàn phần từ đất của Lãnh thổ Michigan năm 1829.

Quận Chippewa được lập từ Quận Michilimackinac năm 1826.

Quận Kalamazoo, Michigan, được lập vào năm 1829 từ Quận St. Joseph, từng là một khu vực đất có ảnh hưởng lớn nằm trong Tây Michigan và được phân chia thành nhiều quận khác: Allegan, Barry, Calhoun, Eaton, Ionia, Montcalm, Kent, Ottawa và Clinton (một số được thành lập thời là lãnh thổ, một số khác bị tách ra sau này).

Quận Jackson và Ingham được lập năm 1829 từ Quận Washtenaw; Quận Isabella được lập từ các phần đất của các quận Saginaw và Midland năm 1831. Quận Gratiot cũng được lập năm 1831 từ đất của hai quận Saginaw và Clinton.

Bãy trong số 12 quận được lập trong năm 1829 được đặt tên của các thành viên Nội các Hoa Kỳ dưới thời tổng thống Andrew Jackson. Một quận trong số đó được đặt tên của chính Jackson.

Quận Iowa với quận lỵ tại Mineral Point được thành lập năm 1829 và được chuyển sang cho Lãnh thổ Wisconsin năm 1836.

Lãnh thổ Michigan coi quản các vùng đất nằm ở phía tây sông Mississippi trong một thời gian ngắn sau khi Missouri trở thành tiểu bang và các phần đất còn lại ở phía bắc của tiểu bang mới này bị bỏ lại thành một lãnh thổ chưa tổ chức. Vùng đất này bao trùm phần đất mà ngày nay là tiểu bang Iowa và một phần của tiểu bang Minnesota nằm ở phía tây con sông. Vùng đất chưa tổ chức đó được đặt với sự cai trị của chính quyền Lãnh thổ Michigan vào năm 1834. Các quận Dubuque và Des Moines được lập năm 1834, và được chuyển sang cho Lãnh thổ Wisconsin năm 1836 khi lãnh thổ này được thành lập.

Quận Milwaukee được lập năm 1834 và được chuyển sang cho Lãnh thổ Wisconsin hai năm sau đó.